Значительный прогресс был достигнут в последние несколько лет, чтобы начать картографирования эпигенетические, которые связаны с активацией генов и repres-сии в токсоплазмы. Ключевой шаг вперед в содействии этого исследования была оптимизацией иммунопреципитации хроматина (стружка) протокола для этих паразитов. Щепа может быть использована для обнаружения специфических модификаций гистонов в естественных условиях на отдельных промоторах, а также может быть использована для идентификации хроматина факторов ремоделирования, связанные с промоторами, представляющим интереса. Краткое изложение доказательств для эпигенетического modifi-катионов и связанных с ними факторов, которые могут опосредовать их в Toxoplasma показан на рисунке 16.3.
Как уже упоминалось выше, N-концевые хвосты TgH3 и TgH4 неотличимы от большинства других эукариотов, так что многие из коммерчески доступных антител, специфических к ковалентной модификации гистонов являются перекрестно-реактивными с Toxoplasma гистонов. Использование чипов с антителами к любому ацетилированному H3 или H4, было показано, что в Toxoplasma относительно ацетилирования по сравнению с деацетилированием может быть соотнесено с специфической активацией гена или репрессией, соответственно (Saksouk и др., 2005). Это было показано в контексте дифференциации пары-сайте, демонстрируя, что в п-сайтах культивируют как тахизоиты, Н3 и Н4 были ацетилированные на тахизоит-промоторах, такие как
| Хроматина В Toxoplasma | ||
| SAG1 и SAG2A, а не ацетилирования не обнаружено | но отсутствует на брадизоитных промоторах, тогда как | |
| на брадизоитный-промоторов, таких как LDH2 | TgHDAC3 был связан с промоторами, которые являются | |
| и BAG1 (Saksouk и др., 2005). С другой стороны, в | подавляются в стадии тахизоит (Saksouk | |
| популяция паразита индуцируется, чтобы войти в бради- | и другие., 2005). | |
| zoite путь, ацетилирование в тахизоят промоторы | Исследования также показали, что TgCARM1- | |
| уменьшилась, в то время как ацетилированные гистоны | опосредованное метилирование H3 {R17} является еще одним signa- | |
| связанно с брадизоитными промоторами. Как | ры экспрессии гена в Toxoplasma, с | |
| ожидалось, межгенные регионы вверх по течению от конституционализма | Присутствие этого белка на активных генов в либо | |
| тивно экспрессируемые гены были обнаружены в acety- | тахизою или стадии брадизоитных (Saksouk и др., | |
| ведено состояние в любой популяции в пробирке. | 2005). В то время как рекомбинантный TgPRMT1 было показано, | |
| Подтверждение дифференциального состояния гистона | метилат Н4 {R3}, эта модификация имеет гистонов | |
| ацетилирование, который связан с конкретным remod- | еще не были подтверждены в естественных условиях. Наконец, чипсов | |
| ELING ферменты также наблюдалось в паразита транс- | показано, что Н3 {К4} может быть ди- или три-метилированным в | |
| генные линии, экспрессирующие эпитоп-меченый TgGCN5-A | Toxoplasma, Более конкретно, три-метилированные | |
| и TgHDAC3 белки. НАТ белок TgGCN5-А | Н3 {К4} обогащаются на тахизоят промоторы в ходе | |
| присутствовали на тахизоят промоторы в тахизоитах, | этап тахизоит, | и обогащается на |
|
|
| ADA2-A | ADA2-Б | |||||
| ADA2-Б | ||||||
| SRCAP | ||||||
| ? | ||||||
| GCN5-Б | CARM1 | |||||
| ? | GCN5-A | |||||
| мне | ||||||
| TgH3 Nt | мне | переменный ток | переменный ток | мне переменный ток | SRCAP | |
| мне | ||||||
| N - АРТ К QTAR К STGG К AP RKQLAT К.., | LZTR | |||||
| 17 18 | ||||||
| ? | ||||||
| MYST | TgCRC | |||||
| MYST B | (Гистондеацетилаза 3) | |||||
| PRMT1 | ||||||
| TgH4 Nt | мне переменный ток | переменный ток | переменный ток | ? | ||
| переменный ток |
|
|
N - SG р г К GG К GLG К GGA КRHRKVL R..,
3 5 8 12 16
РИСУНОК 16,3 Epigenetics и хроматин в Toxoplasma ремонт. Мультфильм показывает гистоны modifica-ции, которые наблюдались на N-концевой (N) хвостах Toxoplasma гистонов H3 и H4, либо в пробирке или в естественных условиях. Четыре ЖЦФ связанные с активацией генов, показаны вместе с любым сообщалось, связывающие факторы (изображается как перья). Предпочтительный субстрат изображен с жирными стрелками. Ферментативная специфичность TgMYST-B до сих пор не решен. TgHDAC3-содержащий комплекс, TgCRC, связан с deacety-веден промоторов транскрипционно неактивных генов. Два гистонов метилтрансферазы также показана вместе с их целевым субстратом. Ди- и три-метилирование TgH3 {К4} сообщалось, но фермент, ответственный еще предстоит определить. Также показано TgSRCAP, то SWI2 / SNF2 АТФаза гомолог, которые могут ассоциировать с Toxoplasma гомолога Лейцин-молния-подобного транскрипционного регулятора (LZTR). Это неизвестно, в настоящее время показано, является ли TgSRCAP ассоциируется с другими хроматина перемодельерами, но члены семьи SWI2 / SNF2 найдены в комплексах, содержащих CARM1 или HDACs у других видов. переменный токçíàê ðàâíîацетилирование; мнеçíàê ðàâíî метилирование.
|
|
436 GENE РЕГУЛИРОВАНИЕ
брадизоитный промоторы следующие дифференцировки, таким образом, представляют другой потенциальный знак активации гена в этом паразита (Saksouk и др., 2005).
уникальные участки этих факторов хроматина, или паразит специфические белки, ассоциированные с ними.