Microarrays и транскриптомный паразит




 

Из-за интенсивного научного интереса, а также в качестве бенефициара проекта раннего генома (https://plasmodb.org/ PlasmoDB.shtml), Plasmodium целого генома микрочипы были первыми, чтобы обеспечить общее представление о экспрессии мРНК в этой паразитарной семье (Le Roch и др., 2004; Bozdech и Гинзбург, 2005). Из детального анализа экспрессии мРНК в процессе развития плазмодия, некоторые ключевые понятия о экспрессии генов появились (обзор в Ллайнас и DeRisi, 2004). Более 80 процентов транскриптов в контролируемых микрочип экспериментов регулировались, причем большинство из которых имеет пик экспрессии в пределах одного периода времени в сексуальных стадиях или intraerythrocytic цикла. Экспрессия мРНК Стадия конкретных составляет большую часть Plasmodium транскриптов, и было мало Shared выражение между этапами: были выражены около 200 генов в гаметоцита, 41 были спорозоитами специфических, и 20 процентов всех транскриптов были специфичными для intraerythrocytic цикла (мерозоиты). Протеомные исследования по всей видимости, подтверждают эти результаты, так как более половины 948 белков, обнаруженных в недавнем протеомном анализе были однозначно выражаются одним Развивающими


Транскриптома токсоплазменных  

 


 

этап (Hall и др., 2005). гены Plasmodium, которые показывают образцы мРНК совместного регулирования (на основе кинетики и уровня мРНК) охватывают большие группы белков (от десятков до сотен), которые участвуют в развитии, паразита моторики и инвазии, а также метаболические пути (Le Рох и др., 2004; Bozdech и Гинзбург, 2005). Надлежащий выбор времени накопления мРНК относится не только к генов, ассоциированных с циклами паразитом клеток, которые можно было бы ожидать, имеют аналогичные кинетику (Bozdech и Гинзбург, 2005), но и гены, кодирующие белковые компоненты субклеточных структур, как узкое окно, когда эти структуры форма во время цикла деления может также потребовать экспрессии кора-гена NAT, (Триглия и др., 2000). Большие изменения уровня транскриптов в Plasmodium предположить, что экспрессия мРНК регулируется с помощью механизмов «точно вовремя», и относительно низкая доля конститутивного мРНКа в этих паре-сайтах может отражать эту концепцию (Llinas и DeRisi, 2004). Взятые вместе, эти результаты показывают, что транскрипция является одним из основных экспрессии генов механизм контроля-лин в этих паразитов, и эта точка зрения подтверждается недавним сравнением изменений в транскриптом Plasmodium и протеомом, что указывает на изменения в уровне мРНК имеют более высокую корреляцию с изменения белка в этом паразита, чем наблюдается у дрожжей или высших эукариот (Ле Рох и др., 2004).

 

 

Проекты EST для apicomplexan простейшими были проведены с выраженной целью открытия гена, хотя и грубые оценки изменений в экспрессии мРНК также позволили онтогенетически регулируемые гены, которые будут определены, и эта информация с тех пор используется для построения ограниченного Toxoplasma кДНК микрочипов (Клири и др., 2002;. Matrajt и др, 2002; Singh и др, 2002).. Эти первые массивы сосредоточены на таха-zoite-брадизоитных переходы в моделях клеточных культур от брадизоитных дифференцировок и исследовались экспрессия генов в мутантах, которые не смогли дифференцировать (Matrajt и соавт, 2002 (Cleary и др., 2002);. Синг и др., 2002). Хотя изменение hybridiza Тион реплицируется уменьшает некоторые интерпретации этих экспериментов (Ellis и др., 2004),


 

 

белковые антигены и подтверждают роль transcrip-ционных механизмов в определении характеристик развития в стадии токсоплазмы. Они также предоставляют доказательство совместного регулирования транскрипции этого паразита (Singh и др., 2002). В Tran-скриптах четырех мутантов, полученных с помощью химического мутагенеза, и выбрано против способности различать, общий набор мРНКа был затронут (не может быть вызван), в то время как другие затронутые мРНК группы появились в кластере с двумя или тремя мутантами, предполагая что иерархическая экспрессия генов может направить брадизоитное развитие-ния (Синг и др., 2002). Значение этих результатов будут поджидают геном на основе массивов; тем не мение,

 

 



Поделиться:




Поиск по сайту

©2015-2024 poisk-ru.ru
Все права принадлежать их авторам. Данный сайт не претендует на авторства, а предоставляет бесплатное использование.
Дата создания страницы: 2019-06-03 Нарушение авторских прав и Нарушение персональных данных


Поиск по сайту: