Функциональные исследования Plasmodium и Тохо-плазменных промоторы подтверждают мнение о том, что Апи-complexa промоторы обладают аналогичной двудольной организацией базальных и цис-элементов, и предполагают, что инициации транскрипции в этих паразитах следуют принципам, аналогичные другое eukary-ОТЕС (Хоррокс и соавт., 1998). Эта точка зрения подтверждается наличием по меньшей мере 60 процентов от GTFs, связанных с эукариотической РНК-полимеразы II в
430 GENE РЕГУЛИРОВАНИЕ
Apicomplexa геномы, в том числе важных компонентов TFIID комплекса, рекрутировать РНК-полимеразы II на сайт инициации транскрипции (Коулсон и др., 2004 Каллебаут и др., 2005).
Исследования показали, что компоненты конкретного типа клеток ассоциированы с основным транскрипционным комплексом в многоклеточных организмах. Дополнения к базальным техникам могут эволюционировали регулировать повышенную сложность экспрессии генов, необходимую для этих клеток специализироваться (Hochheimer и Tjian, 2003). Сравнительно, меньше известно о факторах, которые действуют в транс-положении, чтобы регулировать генную транскрипцию специфических в apicomplexan паразитов. Тем не менее, очевидно, что этот дефицит, вероятно, будет недолгим, поскольку в настоящее время доказательства того, что белки, содержащие нуклеотидные связывающие домены присутствуют в Apicomplexa геномов и их активность была обнаружена в экстрактах паразитов. Мы зарегистрировали SAGE тегов доказательств для экспрессии ряда белков, содержащих домены цинка пальца в токсоплазмах, и эти белки могут быть найдены в гене онтологий классификации данных SAGE на сайте TgSAGEDB (Behnke и белый, неопубликованный). Показания специфической ДНК-связывающей активность в экстрактах паразитов Apicomplexa взяты из отчетов различных ядерных факторов, которые связывают функциональные цис-элементы, которые являются консервативными в пределах генов Var (Восс и др., 2003) и observa-ции из белковых факторов в гаметах ядерных экстрактов, имеют специфическую активность связывания с конкретным гамет цис-элемента из pfs25 (Dechering и др., 1999). В Toxoplasma, ядерные экстракты, полученные от паразитов, подвергнувшихся воздействию щелочных стресса-шоу увеличились ДНК-связывающей активность к енолазу-1-стресс реагирует цис-элементам (Kibe и др., 2005) и подвижность в геле экспериментов показывают сдвиг ДНК связывающей активность, специфичные для стресса-respon-SIVE элементов, найденных в промоторе hsp70 (Мо и др., 2004). До недавнего времени, функциональная проверка фактора ДНК связывания ген-специфического никогда не сообщалось в любой модели Apicomplexa. Однако, используя нокдаун подход дцРНКа, то Expres-Sion ДНК-связывающий белок PfMyb1 была связана с транскрипционной сетью, необходимой для роста паразита и иммунопреципитации хроматина
обнаружено PfMyb1 связанно с промоторными последовательностями нескольких членов этой регуляторной сети (Gissot и др., 2005).
Хроматина
В Toxoplasma
Современные модели эукариотической транскрипции Acti-vation вовлекают значительно большее число сомножителей, чем был оценен более чем десять лет назад. Простые связывания трансмиссионных жидкостей гена-специфический (активирующие факторы транскрипции) в локальные последовательности в ДНК нуклеосомных (Naar и др., 2001) в настоящее время признаны недостаточным для набора РНКА-полимеразы II-PIC. АССАЛЕ рекрутировать хроматин, чтобы облегчить ремонт сборки ПОС по основнымам промоторных последовательностей (недавно рассмотрен в Spector, 2003; Ehrenhofer-Мюррей., 2004; YJ Ли и др, 2004). Эти данные приносят динамику хроматина на передний край исследований экспрессии генов, а также открытие, что гистоны белки могут быть химически модифицированы таким образом, чтобы усилить или инактивировать транскрипцию, наряду с АТФазами способных репозиции нуклеосом, побудили интенсивное расследование того, как эти механизмы действуют совместно для регуляции экспрессии генов. Хотя порядок и сборка транскрипционных факторов не были продемонстрированы в любом apicomplexan паразита, в том числе Тохо-плазмы, начальные набеги в понимании транскрипционной регуляции показывают, что эти паразиты обладают существенными признаками базальной transcrip-ным оборудования (описано выше), а также значительная коллекция хроматина машин. Исследование ремоделирования хроматина механизмов с целью нового целевого лекарственного средства обнаружения является важной областью исследования, как это проиллюстрировано ингибитором HDAC, апицидина, который обладает действием широкого спектра против Vari-щества apicomplexan паразитов, в том числе человеческих патогенов Toxoplasma и Plasmodium,
Фундаментальный строительный блок хроматина гистонов белок. Четыре канонические типов гистонов существуют (Н2О, Н, Н3 и Н4), которые образуют
| Хроматина В Toxoplasma |
октамер комплекс с ДНК (нуклеосомы). Гистонов хвосты, особенно те из H3 и H4, могут быть множеством разнообразных ковалентных модификаций, которые имеют различные последствия для гена Тран-scription (Peterson и Laniel, 2004). Как и многие другие эукариоты, Toxoplasma Н3 и Н4 исключительно хорошо сохраняющийся; и каждый остаток в N-концевого хвоста сообщалось, чувствительны к химической модификации присутствует (Sullivan и др., 2003, 2006). Существование вариантов гистонов, которые могут быть замещены, чтобы модулировать процессы ДНК-приводом, также сохраняется в токсоплазмы. Например, токсоплазмы содержит гомолог вариант H3.3 в дополнение к каноническому H3, причем первый связан с генами, проходящих в транскрипции других видов (Sullivan и др., 2003). Существуют два варианта как Н2Ыи Н в токсоплазмах (Sullivan и др., 2006).
Гистона N-концевые хвосты также богаты положительно заряженных аминокислот и плотно взаимодействовать с отрицательно заряженной ДНК, что облегчает conden-Sation. Сборка геномной ДНК в гистонов нуклеосом, а затем в хроматина структуры более высокого порядка связано с транскрипционной репрессии, и «молчать» хроматина, как полагают, механизм по умолчанию направления прогнозный-Тион хроматина следующей репликации ДНК (Ehrenhofer-Мюррей, 2004). Таким образом, необходимо принимать активные шаги, чтобы изменить нормальное состояние CHRO-Matin для достижения стабильной активации транскрипции. Мириады химических модификаций гистонов в настоящее время известны и предложены для Oper-ели в комбинаторной моды, составляя «гистонов код», который отражает соответствующие изменения в локальной активации (и инактивации) специфических генов (Strahl и Эллиса, 2000). В соответствии с этой гипотезой является обнаружением белка мотивы CAPA-BLE связывания специфических модификаций гистонов - например, бромодомно взаимодействуют с ацетилированными лизинами, chromodomains может связывать метилированные лизины, и макро-домены распознавать АДФ-рибозы фрагменты (Dhalluin и др, 1999;. Бэннистер и др., 2001;. Каррас и др, 2005). В следующих разделах,
мы приводим краткое описание модификаций гистонов и обсудить то, что известно об их появлении в токсоплазмы.