Протеомики анализ Т. гондий сыграл важную роль в обеспечении некоторых из первых данных, используемых в разработке-ки стандартов протеомики (Jones и др., 2004), и по-прежнему важно, что крупномасштабные Toxoplasma протеомика эксперименты и данные должны пытаться придерживаться этих разработки общих форматов. В то врет как протеомики эксперимент в изоляции может дать ценные результаты, существует значительный POTEN-TiAl для расширения значения этих данных для широкой общественности с осторожным использованием общих стандартов. Кроме того, принцип, что исходные данные всегда должны быть сохранены вместе с обработанными данными (как с последовательностью и данными микрочипов), также является важным. Хотя исходные данные вряд ли будет доступно широко абонентским-сообществом, его reten-ция сохраняется возможность повторного запроса исходных данных в более позднее время. Это уже доказано, важно с идентификацией MS из T.gondii, белков, где требовалось повторное анализ исходных данных MS в течение периода быстрого эволюции базы данных генома Toxoplasma на более чем один раз (Брэдли и др., 2005). Аналогичным образом, Algo-rithms для идентификации белков из данных MS постоянно изменены и улучшены, что делает его иногда желательно ретроспективный анализ данных MS. Вместе с микрочипов экспериментов, стоимость и усилия, затраченные при проведении экспериментов оправдывает тщательное хранение и архивирование данных, как это редко бывает желательно (или возможно), чтобы повторить ту же самую работу. Масштабные протеомики данные Т. гондий Таким образом, следует рассматривать как общественный ресурс, с сообществом широкого доступом, поощрять дальнейшую эксплуатацию данных. где повторный анализ исходных данных MS в течение периода быстрого эволюции базы данных генома Toxoplasma требовалось на более чем один раз (Брэдли и др., 2005). Аналогичным образом, Algo-rithms для идентификации белков из данных MS постоянно изменены и улучшены, что делает его иногда желательно ретроспективный анализ данных MS. Вместе с микрочипов экспериментов, стоимость и усилия, затраченные при проведении экспериментов оправдывает тщательное хранение и архивирование данных, как это редко бывает желательно (или возможно), чтобы повторить ту же самую работу. Масштабные протеомики данные Т. гондий Таким образом, следует рассматривать как общественный ресурс, с сообществом широкого доступом, поощрять дальнейшую эксплуатацию данных. где повторный анализ исходных данных MS в течение периода быстрого эволюции базы данных генома Toxoplasma требовалось на более чем один раз (Брэдли и др., 2005). Аналогичным образом, Algo-rithms для идентификации белков из данных MS постоянно изменены и улучшены, что делает его иногда желательно ретроспективный анализ данных MS. Вместе с микрочипов экспериментов, стоимость и усилия, затраченные при проведении экспериментов оправдывает тщательное хранение и архивирование данных, как это редко бывает желательно (или возможно), чтобы повторить ту же самую работу. Масштабные протеомики данные Т. гондий Таким образом, следует рассматривать как общественный ресурс, с сообществом широкого доступом, поощрять дальнейшую эксплуатацию данных.
Для того чтобы данные протеомики быть полезным для общества в целом, должна быть легким путем вступления
для исследователей, основной интерес не может быть протеомика, но для которых данные протеомики может иметь значение. Как генома и экспрессии данных, наиболее очевидный портал это ToxoDB (https://www.toxodb.org/). Протеомики данные для токсоплазмы имеют свое наибольшее значение в контексте других геномных и экспрессии данных, где они до сих пор имеют значительный потенциал для информирования генного найти-джеинг и аннотации. Настоящее время предпринимаются усилия с Т. гондий и других apicomplexan паразитов, в том числе Cryptosporidium зр. и плазмодий зр., чтобы выработать общий формат протеомики для отображения данных протеомики в своих соответствующих базах данных. В идеале это будет включать в себя выравнивание пептидных последовательностей против моделей прогнозирования белка, таких как те, которые отображаются в Generic Gene Модели Организм наборе база данных Строительства (GBrowse www.gmod. орг /) доступны для T.gondii, в ToxoDB. Кроме того, положение о «детализации» в данные помоему много дополнительной информации в протеомиках экспериментов должно быть сохранено. Таким образом, поддерживая тесную связь между ToxoDB и стандартизированными хранилищами данных протеомики будет иметь важное значение.
ЗАКЛЮЧЕНИЕ И
ПЕРСПЕКТИВЫ
Toxoplasma были все больше и больше на переднем крае протеомики, и эта тенденция будет продолжаться с более широкой доступностью этой быстро развивающейся технологией для исследователей. Тем не менее, основной чал-lenges лежит впереди, если протеомика исследование действительно революционизировать наше понимание Toxoplasma биологии. Если мы действительно хочешь использовать протеомики для Estab-лиш связи между геномом и его функцией, то протеомика должна двигаться вперед, чтобы обеспечить более подробные и полные функциональные данные о белках, которые он описывает. Ключ к этому лежит отчасти в том, лучше, чтобы профиль активности белков, например, за счет высокой пропускной способности анализа PTMs и белок-белковых взаимодействий. Эти цели не являются тривиальными. В случае анализа PTM, например, это не только наличие или отсутствие PTMs, таких как фосфорилирования, который должен быть идентифицирован;
| РЕКОМЕНДАЦИИ |
фосфорилирования и расположение сайтов фосфорилирования для белков должны быть определены - все это в контексте исключительно переходной и лабильной системы. Прогресс в области как относительного и абсолютного белка количественному также должны быть применены к изучению Toxoplasma, если данные протеомики должны быть использованы более эффективно с другими пост-геномных технологий, таких как транскрипционного анализа и метаболомике в системной биологии подхода. Наконец, так же, как анализ мРНК не может сказать нам все о функции генов, белки тоже не могут быть поняты полностью изолированно. Сахар и липиды также являются важными компонентами клеток, и их крупномасштабный анализ через формирующиеся области glycomics и lipidomics теперь возможность. Протеомики для токсоплазмы должны развиваться в контексте этой нарождающейся техно-гии.
БЛАГОДАРНОСТЬ
Я признателен членам Wastling Labora-тории за полезные комментарии к этой рукописи. Я благодарен д-ра М. Нельсон и доктор AZ Сиддики за помощь в производстве фигур. JMW поддерживается за счет финансирования из BBSRC, в Wellcome Trust, The Royal Society, и Перри Фонда.
РЕКОМЕНДАЦИИ
Aebersold, Р. Манн, М. (2003). Масс-спектрометрия на основе протеомики. Природа 422, 198-207.
Александр, DL, Mital, J., Ward, GE, Брэдли, П. и Boothroyd, JC (2005). Идентификация подвижного соединения комплекса токсоплазма: а Collabora-ции между различными секреторными органеллами. PLoS Pathog. 1, е17.
Бекерс, CJ, Dubremetz, JF, Мерсеро-Puijalon, О. и Столяр, К. (1994). Токсоплазма rhop попробуйте белок ROP2 вставляется в паразитофорной мембрану вакуолей, окружающих внутриклеточный паразит, и подвергают воздействию клетки-хозяина цитоплазме. J. Cell Biol. 127, 947-961.
Бекерс, CJ, Wakefield, Т. и Столяр, К. (1997). Экспрессия белков Toxoplasma в Neospora сатпит и идентификация гена, кодирующий новый белок rhoptry. Mol. Biochem. Parasitol. 89, 209-223.
Бхатти, М., Ливингстон, М., Mullapudi, Н. и Салливана, WJ-младший (2006). Пара необычных GCN5 гистонов ацетил-трансферазы и ADA2 гомологов в простейшим паразитом токсоплазма. Eukaryot. Cell 5, 62-76.
Ведьмак, IJ, кормушка, ID и Boothroyd, JC (2001). Анализ микрочип выявляет ранее неизвестные изменения в токсоплазме-инфицированные клетки человека. J. Biol. Химреагент 276, 24 223-24 231.
Брэдли, PJ и Boothroyd, JC (1999). Идентификация сайта про зрелой обработку Toxoplasma ROP1 метода масс-спектрометрии. Mol. Biochem. Parasitol. 100, 103-109.
Брэдли, PJ, Уорд, К., Ченг, SJ и соавт. (2005). Протеомный анализ rhoptry органелл раскрывает многие новые компоненты для принимающих паразита-взаимодействий в токсоплазме. J. Biol. Химреагент 280, 34 245-34 258.
Брэдшоу, РА и Burlingame, AL (2005). Из белков в протеомики. МСБХМБ Life 57, 267-272.
Бакстон, Д. и Иннес, EA (1995). Коммерческая вакцина для овечьего токсоплазмоза. Паразитологии 110 (Suppl.), S11, S16-.
Кэри, KL, Вествуд, штат Нью-Джерси, Mitchison, TJ и Уорд, GE (2004). Небольшая молекула подход к изучению инвазивных механизмов токсоплазма. Proc. Natl Acad. Sci. США 101, 7433-7438.
Клири, MD, Singh, У., Ведьмак, IJ, Brewer, JL и Boothroyd, JC (2002). Токсоплазма бесполое развитие: идентификация онтогенетически регулируемых генов и различных форм гена Expres-Sion. Eukaryot. Cell 1, 329-340.
Клири, MD, Meiering, CD, Ян, Е., Guymon, Р. и Boothroyd, JC (2005). Биосинтетического маркировка РНК с урацила фосфорибозилтрансферазы позволяет клеточно-специфический анализ микрочипов синтеза мРНК и распада. Природа Biotechnol. 23, 232-237.
Cohen, AM (2002). Исследование активности анти-Toxoplasma из arprinocid и применения протеомики к анализу лекарственной устойчивости. Кандидатская диссертация, Университет Глазго, Великобритания.
Коэн, М., Румпель, К., Кумбс, GH и Wastling, JM (2002). Характеристика глобальной экспрессии белка с помощью двумерного электрофореза и масс-спектрометрии: протеомики из токсоплазма. Международный J. Parasitol. 32, 39-51.
Cravatt, BF и Соренсен, EJ (2000). Химические Strate-логии для глобального анализа функции белка. Тек. ОПИН. Химреагент Biol. 4, 663-668.
Делорм, В., Кайла, X., Фора, Г. Гарсиа, А. и Tardieux И. (2003). Динамика актина контролируется казеинкиназой II и фосфатазы 2C взаимодействия на токсоплазма Toxofilin. Mol. Biol. Cell 14, 1900-1912.
Дхингра, В., Гупта, М., Andacht, Т. и фу, ZF (2005).
Новые рубежи в исследовании протеомики: перспективы.
Международный J, Pharmacol. 299, 1-18.
Dlugonska, Х., Dytnerska, К., Райхманн Г., Stachelhaus, С. и Фишер, HG (2001). Навстречу