Для целей большинства протеомики анализа Т. гондия, настоящий выбор, следует ли использовать MALDI-MS или ESI-MS / MS для определения последовательности белка. MALDI-MS и ESI-МС / МС-Gener ели различные типы данных, и выбор анализа зависит от того, PMF или пептидной фрагментации
данные требуются. Первые белковые идентификации с помощью МСА для токсоплазмы были выполнены до того, как была существенная информация генома для пара-сайта, и были вынуждены зависеть от идентификации белков с использованием затем несколько генов в NCBI и ограниченную базы данных EST (Nischik и др., 2001;. Коген и др, 2002). Так как EST последовательность является по своей природе Короче говоря, они редко кодируют пептиды, достаточные для однозначной идентификации PMF белков. Только в случае длинного, перекрывающегося консенсус EST последовательностей MALDI-МС Опознавательного-катион белков с использованием более эффективной PMF. Тем не менее, с развитием сложных 10×Охват база данных генома для T. гондия, теперь можно искать эффективно данные MALDI-MS против предсказывали открытые рамки считывания и, в частности, против тысяч гипотетических предсказанных белков, полученных из белковых программ predic-ции, такие как TgTwinScan, TigrScan и GlimmerHMM (www.toxodb.org).
Преимущество ESI является то, что она позволяет тандемной MS, или возможности MS / MS. Ключевым событием в MS / MS является то, что она включает в себя энергетическую диссоциации анионов, чтобы вызвать фрагментацию пептида, и, таким образом, получает структурную информацию, относящуюся к последовательности пептида. Таким образом, в отличие от PMF, где известны только массы отдельных пептидов, МС / МС-данные пептид фрагментации приводят к пептидной последовательности информации. Для организмов ограниченных данных генома, или там, где данные генома не были полностью аннотированным, это обеспечивает немедленное преимущество.
Важно признать, некоторые другие характеристики как MALDI-MS и ESI-MS / MS. Простота в использовании и менее дорогой, MALDI-MS, как правило, более низкого разрешения, чем ESI-MS / MS. В отличие от этого, расходы на приобретение и поддержание инструмента ESI-МС / МС может быть непомерно высокой для многих лабораторий, а также степень мастерства, необходимого для успешной работы значительно больше, чем для MALDI. Тем не менее, а также возможности MS / MS, ESI-МС / МС отлично подходит для определения пептидных модификаций, в то время как MALDI только имеет ограниченные возможности в этой области. Возможность определения пептидных модификаций имеет решающее значение в том, что, несомненно, станет одним из основных направлений протеомики - характеристика
| МОЖЕТ ПРОТЕОМИКА быть количественной? |
пост-трансляционной модификации белков. Разработки в MS-измерительные приборах для биологически акти-кала приложений стремительные, и undoubt-EDly иметь последствия для исследования протеомики Toxoplasma в будущем. Например, MALDI инстра-Менты недавно стали доступны с возможностями MS / MS (MALDI-TOF / TOF), который должен сочетать в себе гибкость технологии MALDI с возможностью приобрести пептидные данные Fragmenta-ванию MS / MS.
доступны Глобальная организация Протеого Machine (www.thegpm.org). поиск данных MALDI PMF также поддерживаются ToxoDB по EMOWSE (https://www.toxodb.org/restricted/emowse.shtml). Для повышения гибкости и использования других инструментов MS поиска необходимо рассмотреть сконструировать-ную локальную базу данных для анализа MS, хотя эта база данных будет, очевидно, должны быть постоянно обновляется FTP загрузки в соответствии с изменениями в ToxoDB.