Различные способы редактирования мРНК

Шесть или более 5’-концевых нуклеотидов gРНК комплементарны последовательности редактируемой мРНК, непосредственно предшествующей блоку нуклеотидов, подвергаемых редактированию. Уже сейчас ясно, что gРНК не служат матрицей для встраивания модифицируемых нуклеотидов в процессе посттранскрипционного редактирования РНК. Обсуждается гипотетический механизм этого процесса, который, к сожалению, не объясняет полностью имеющиеся факты. В соответствии с гипотезой образующиеся ошибочно спаренные (некомплементарные) нуклеотиды в гибридах gРНК и редактируемой мРНК служат сигналами для расщепления мРНК с последующим добавлением по местам разрывов остатков U. При этом места комплементарного спаривания нуклеотидов в РНК–РНК-гибридах защищены от редактирования. Кроме того, предполагают, что редактирование мРНК происходит с участием сложных нуклеопротеидных комплексов – эдитосом, по аналогии со сплайсингом, где участие аналогичных комплексов – сплайсом в настоящее время доказано.

Другой тип редактирования РНК характерен для митохондрий слизневиков P. polycephalum (см. табл. I.7). В этом случае отдельные остатки С встраиваются во множественные участки митохондриальных мРНК, что приводит к сдвигам рамок считывания. Механизм данного процесса неизвестен.

Своеобразно решают задачу изменения кодирующего потенциала своих мРНК парамиксовирусы, в частности вирусы кори и свинки. Во время транскрипции гена P, кодирующего белок, ассоциированный с полимеразой, РНК-полимераза совершает ошибки, что сопровождается вставками лишних остатков гуанозина (G) в мРНК и, как следствие, сдвигом рамок считывания при их трансляции.

В транскриптах митохондрий позвоночных животных в процессе полиаденилирования мРНК происходит создание бессмысленных кодонов UAA и UGA, приводящих к преждевременной терминации трансляции, что в конечном счете сопровождается появлением новых полипептидных цепей. Тот же самый механизм реализуется в ядрах позвоночных.

Другая группа механизмов редактирования мРНК основана на ферментативном взаимопревращении остатков нуклеотидов. Например, в большинстве митохондрий высших растений в результате дезаминирования происходит превращение остатков С в U. В меньшей степени для них характерен обратный процесс: U®C. При этом изменяется смысл кодонов в мРНК и, как следствие, происходит замена соответствующих аминокислот в белках. В настоящее время еще не охарактеризованы ферментные системы, осуществляющие такие посттранкрипционные превращения нуклеотидов на уровне мРНК.

Отдельно следует упомянуть редактирование мРНК, происходящее в хлоропластах высших растений, в частности у кукурузы и табака. Оказалось, что предсказание последовательностей аминокислот в белках хлоропластов, сделанное на основании последовательностей нуклеотидов их генов, часто не соответствует действительности. Так, в гене rpl2 хлоропластов кукурузы и гене psbL хлоропластов табака находится кодон AСG в том месте, где ожидается расположение наиболее распространенного кодона инициации трансляции ATG. При созревании транскриптов этих генов происходит их посттранскрипционная модификация, сопровождаемая превращением С®U.

Своеобразный механизм посттранскрипционного редактирования РНК описан для транскриптов генов, кодирующих ионные каналы мозга млекопитающих, которые участвуют в передаче сигналов в синапсах центральной нервной системы. Известно, что субъединицы двух близкородственных классов глутаматных рецепторов содержат в определенных сегментах своих полипептидных цепей, формирующих каналы, остатки глутамина или аргинина, что оказывает существенное влияние на функционирование этих каналов. Оказалось, что субъединицы обоих классов кодируются генами, у которых в соответствующем месте имеется только кодон для глутамина (СAG), хотя в кДНК, полученной с использованием мРНК указанных субъединиц в качестве матрицы, в этом месте обнаружен также и аргининовый кодон СGG.

Интересно, что мРНК одной из субъединиц рецептора, принадлежащей на основании аминокислотных последовательностей к одному определенному классу (называемому здесь класс 1), подвергаются редактированию на 100%, тогда как транскрипты трех других субъединиц того же класса вообще не изменяются, несмотря на 90–95%-ную гомологию 30-звенных последовательностей, окружающих редактируемый сайт. Транскрипты двух субъединиц, принадлежащих к другому классу, редактируются с эффективностью соответственно 40 и 80%. Таким образом, во всех этих случаях имеет место количественная регуляция эффективности редактирования мРНК рецепторов мозга, что необходимо для пропорционального внутриклеточного синтеза соответствующих субъединиц. Механизм такой своеобразной регуляции экспрессии генов в настоящее время, к сожалению, не известен. Предполагают, что эдитосомы могут узнавать характерные элементы вторичной структуры мРНК, по-разному подвергающиеся редактированию.

Широкая, может быть, даже более широкая, чем мы сейчас представляем себе, распространенность посттранскрипционного редактирования мРНК у живых организмов указывает на этот механизм как на один из обычных способов реализации генетической информации. Использование таких модификаций пре-мРНК функционирующими генетическими системами при экспрессии генов расширяет кодирующий потенциал генома и добавляет еще одну возможность регуляции их функционирования на посттранскрипционном уровне. В табл. I.8 суммированы данные об использовании редактирования мРНК у животных и некоторых их вирусов, которые наглядно демонстрируют распространенность этого явления у данной группы организмов.

В заключение рассмотрим еще один наиболее хорошо изученный пример редактирования мРНК аполипопротеина B (ApoB) млекопитающих, участвующего в транспорте холестерина и триглицеридов в крови. Уже давно у млекопитающих обнаружили две формы ApoB, кодируемые одним и тем же геном и образующиеся в результате редактирования ApoB-мРНК (рис. I.11, а). Уникальный ген АpoB человека содержит 29 экзонов, и его общая длина составляет 43 т.п.о. Длина мРНК этого гена, кодирующей ApoB100 с молекулярной массой 512 кДа, составляет 14 тысяч оснований (т.о.). В середине самого большого экзона 26 имеется глутаминовый кодон СAA, который в результате редактирования мРНК превращается в терминирующий кодон UAA. Некоторые из мРНК, подвергшихся редактированию, расщепляются по криптическому (не функционирующему до расщепления) сайту полиаденилирования, что приводит к образованию более короткой

Таблица I.8