Академик Ленц высоко оценил магнитные наблюдения Литке и представил их Академии. Важными оказались и маятниковые наблюдения, безупречно выполненные и охватившие огромное пространство от 60 °C до 33° Ю. Особенно ценными были рисунки, выполненные членами научной группы экспедиции и составившие огромный альбом
Так сложилась жизнь Федора Петровича, что кругосветное путешествие на «Сенявине» оказалось для него последним длительным плаванием с научными целями. Осенью 1832 г. император Николай Павлович назначил Литке воспитателем своего пятилетнего сына Константина, которого император решил сделать руководителем морского ведомства страны. Литке находился при дворе в качестве воспитателя Константина до 1848 года. Но Федор Петрович оказался верен географии, и это в первую очередь выразилось в его активном участии в создании Русского Географического общества (РГО).
В 1836 г. Литке женился. По воспоминаниям современников, брак был очень счастлив, супруги горячо любили друг друга, но в 1843 г. супруга Литке скончалась в возрасте 33 лет, оставив двух сыновей — Константина и Николая.
Безусловно, роль Литке в создании РГО была особо выдающейся благодаря его близости к семье императора. И в дальнейшем его роль в деятельности РГО была особой. Именно в этой деятельности Федор Петрович, видимо, выразил свое понимание роли географии в развитии страны, роли и влияния научной общественности на развитие производительных сил страны.
Фактически Литке, будучи вице-председателем, стоял во главе РГО с 1845 по 1850 г., когда вице-председателем был избран М.Н.Муравьев. А Литке был назначен командиром сначала Ревельского, а затем Кронштадтского портов. Именно он возглавил оборону Финского залива в войну 1854–1855 гг. от превосходящих морских сил Англии и Франции. Эту сложную задачу он с успехом выполнил. Он получил чин адмирала и был назначен членом Государственного Совета.
23 января 1857 г. Литке вновь был избран вице-председателем РГО и энергично принялся за дела, получив такого талантливого помощника, каким был Петр Петрович Семенов (Тян-Шанский). Успехи, которые удалось достичь РГО в проведении обширных географических исследований на территории Российской империи и в некоторых сопредельных странах за первую четверть века своего существования, были значительны и во многом заслужили мировое признание.
В 1864 г. Литке стал Президентом Петербургской Академии наук и параллельно до 17 января 1873 г. продолжал руководить деятельностью РГО. В этот день в возрасте 75 лет он передал пост Петру Петровичу Семенову. Вот отрывок из его речи в тот день: «Оставляя должность вице-председателя, после 16-летнего в ней служения я поставляю себе в обязанность принести Обществу искреннюю мою благодарность за постоянное доверие, которым Общество меня во все это время удостаивало и которое я всегда старался оправдать. До меня доходят с разных сторон выражения сожаления о том, что я оставляю эту должность. Смею уверить вас, милостивые государи, что никто об этом более меня самого не сожалеет. Я так: сжился с Обществом и с теми отношениями, в которых к нему доселе находился, что мне долго не привыкнуть к мысли, что эти отношения стали уже не те. Но я покоряюсь необходимости. Всему есть конец, и старость, со всеми своими последствиями, всегда берет свое. Перешагнув на вторую половину восьмого десятка, я чувствую с каждым днем возрастающий упадок сил моих, я поступил бы недобросовестно, представ перед вами кандидатом на должность, которую по убеждению моему не могу уже выполнять с прежнею энергией, с прежнею деятельностью. Для этого нужны силы более свежие…
Что касается до меня, то я и в звании рядового члена Общества всегда буду готов по мере сил моих служить ему верой и правдой, как служил доселе.
Затем мне остается только просить Вас не поминать лихом вашего старого вице-председателя» [30, с 24].
В 1872 г. Совет РГО утвердил золотую медаль имени Ф.П.Литке, которой на протяжении всей дальнейшей истории РГО награждались выдающиеся отечественные географы-исследователи. Она была второй после высшей награды — Константиновской медали. Деятельность Ф.П.Литке в Петербургской Академии наук продолжалась до 1881 г., когда из-за потери зрения и слуха он отказался от президентства. Будучи на этой должности, Ф.П.Литке уделял серьезное внимание работам Пулковской астрономической обсерватории, Главной физической обсерватории. При нем была учреждена Академией наук Павловская магнитно-метеорологическая обсерватория. Последний год жизни Федора Петровича из-за потери зрения и слуха был очень тяжел для него, так как такое нездоровье привело к лишению всех его привычных средств общения и удовольствия от чтения и слушания музыки. Прославленный моряк и географ скончался 8 (20) октября 1882 г.
Многие из знавших Ф.П.Литке, в том числе и его биограф академик Безобразов, писали о том, что он был чрезвычайно скромен и чужд властолюбия и честолюбия. Все отмечают его прямоту, принципиальность, честность, его готовность прислушаться к чужому мнению. В течение всей сознательной жизни у него было исключительное чувство долга, отсюда и его требовательность к себе и к сотрудникам. Как мы уже отмечали, он был истинным гуманистом и отличался справедливостью в поступках и взглядах, общаясь с людьми разной социальной значимости. Таким он и остался навсегда в истории русской культуры, русской географии и мореходства.
Фамилия Федора Петровича Литке 18 раз запечатлена на географической карте. В его честь названы: 1) банка (мель) в Беринговом море, залив Лаврентия, образовалась на месте размытого в 1961 г. о. Литке, открытого в 1855 г. экспедицией на судне «Винсенс» под командой лейтенанта Д. Роджерса. После исчезновения о. Литке название перешло на банку; 2) банка в Белом море к северу от о. Моржовец; 3) гавань в Беринговом море, названа в 1855 г. экспедицией на судне «Винсенс»; 4) горы, Новая Земля; 5) горы, о. Эдж, архипелаг Шпицберген; 6) губа, Баренцево море, Новая Земля; 7) залив, Карское море, Новая Земля; 8) мыс, Берингово море; 9) Литке [Лутке], мыс, Берингово море, залив Аляска; 10) мыс, Охотское море, Сахалинский залив; 11) мыс, Баренцево море, Новая Земля, назван в 1913г. участниками экспедиции Г.Л.Седова; 12) мыс, Баренцево море, Мотовский залив; 13) Литке [Восточный Фаю], остров, Тихий океан, 8°35′ с. ш., 151°22′ в. д., открыт в 1828 г. экспедицией на шлюпе «Сенявин»; 14) остров, Баренцево море, Земля Франца Иосифа, назван экспедицией, открывшей архипелаг в 1874 г.; 15) остров, Карское море, Байдарацкая губа; 16) острова, Карское море, архипелаг Норденшельда; 17) полуостров, Баренцево море, Новая Земля, нанесен на карту Г.Я.Седовым в 1913 г.; 18) пролив в Беринговом море между о. Карагинским и полуостровом Камчатка.
В честь прославленного ледореза «Ф.Литке», который в 1934 г. впервые в истории за одну навигацию прошел Северным морским путем с востока на запад, названы: гора, Антарктида, Земля Эндерби; мыс, Чукотское море, о. Врангеля; подводное ущелье, Северный Ледовитый океан к северу от Шпицбергена.