Собрание генома T. Gondii

Когда была проведена вся последовательность генома T. гондий, это было сделано в качестве дробовика подхода без пользы физической карты. Позиции генетических маркеров были затем использованы для сборки больших строительных лесов из генома в целом-хромосомы супер-сборок (Хан и др., 2005а). Каркасы являются узлами, которые состоят из контигов (перекрывающиеся последовательности считывают) соединенные в некоторых случаях коротких промежутков, которые мостиковые конечные последовательностями из специфических клонов. На картах хромосом для T. гондия состоит из всех больших строительных лесов (более 100 кб), которые в совокупности составляют>95 процентов от оценки 65-Мб генома (рис 14.3). Остальные каркасы в основном небольшие контиги из> 10 кб, которые не могут быть

Айова

III

AK3

AK17

cB8-9

AK70

AK95

c18-ТА8

6,5

3,8

cA5-22

AK150

3,4

AK119

2,9

AK98

9,8

c29-2

2,8

BSR4

9,8

4,3

AK96

M33

XM195

cB21-4

4,2

Bc18U

3,2

AK72

AK151

Bs226

KT-950

M48

AK97

6,6

AK73

AK158

7,1

AK36

9,7

AK4

AK18

ПК1

1.4

20,2

KT -c20R AK88

2,9

AK89 AK99

6,5

AK1

7,1

AK120

3,2

L53

AK117

7,2

AK19

29,3 сМ

АК6

3,2

AK39

AK118

6,3

ST7a

10,1

AK7

34,9 сМ

ST12a

4,4

38,5 сМ

AK2

43,9 сМ

ST4b ST3b

AK15

ST2a

3,2

MIC 4

AK57

ST2b

6,5

7,3

AK56 RC3

KT-850

AK22

ACT1

L351

KT -L379A

C4-5

1,5

AK121 AK100 AK24

6,5

AK16 AK94

W35487 L31-T3

AK101 KT-L354 AK14

14.4 сМ

c22-8

16,2 сМ

L358

KT-Са5

cS1-13

AK25 AK102

28,4 сМ

	VIIa	VIII
			SAG4				AK46
2,9			Bs328	6,5
		M95 CS1
1.4			CS4 AK28 CS12				АК 47
1,5
		CS2 CS11 CS10 CS5 _6,5
1,5
4,2			CS3 CS6				AK111

		MIC11 CS7	3,2

			AK43 CS8			AK112

7,2			CS9	3,2
				AK162

			TgSUB1	3,3
			CS10-A6			AK152

5,7			AK109	3,3
		M102			AK49
1.4



		AK44
1.4			6,7
		AK29			SRS1
1.4			MIC2
1,5						SAG1.c
		AK110
			AK82				SRS2

			KT - c16AR	9,7
			KT - c20B
						AK113
30,1 сМ

		AK50
				9,7			AK51
							AK52
							AK30
							SAG2
				5,8			GRA1
							MAG1

				4,2			KT-C13r
							KT-c24A
				2,6			AK53
							AK114

VIIb			RC2
64,7 сМ
			AK103
			L339

			L363


			AK104
		AK105

		cA5-2

		AK106

		АК-107

		AK108

			AK26
			AK27
32,4 сМ

		ST5A
		ST5B
9,9		ST6A


		AK85

6,5		AK86
	AK87 AK54


1,1		BTUB AK31
	AK55 RC1
1,7
	L375 AK58
1,7		KT-L376
7,3

		AK59

		KT -L62A
7,3
		AK123 AK60


		AK124 MIC1
8,6		SNF
	SAG5C


2,1		AK92 AK93
	B1.c
3,2
	AK125


9,8		AK126

		AK127

59,2 сМ

Икс

XII

2.5

ST10A AK62

AK142

AK37

AK128 IMC 2

3,2

AK83 AK134 AK143

4,3

AK129

7,1

3,4

AK133 AK135 ROP1

GRA2

AK10

2,8

AK145

4,2

3,2

GRA3

GRA4

SAG3 AK78

2,7

AK63

7,1

AK156 M6

AK64

1.4

ak65

9,8

3,7

M144 MIC6

7,7

CRK2

AK141

SRS4

3,2

3,7

AK155B AK1554A

AK91 AK90

4,3

AK33

2,0

PKGc1-24

3,8

AK66

УПРТ ФУДР

AK115 АК74

4.5

AK130

3,3

AK137

7,6

2,1

AK131

2,1

9,8

L31-T7

c19-TA3

8,5

AK34

3,2

AK11

7,6

AK75

AK153

AK138

AK32

3,3

L344

3,7

AK116

KT-c18B

2,9

AK132

AK20

AK67

3,3

AK12

2,8

L353.c

2,9

AK139

2,7

DHRTS

L366

3,2

AK165

1,9

AK140 AK149

TgCP1

1,9

M2AP

AK80 AK81

7,1

1,9

AK154

AK157

50,9 сМ

AK ARA

7,1

3,8

B10

AK69

3,7

2,9

AK148

3,7

KT -c20F

2.5

GRA6

AK77

RC4

3,7

M163

68,3 сМ

3,2

BM17053

MIC5

77,8 сМ

РАЗРАБОТКА И ПРИМЕНЕНИЕ В классической генетике токсоплазма

РИСУНОК 14.2 Генетическая связь карты для Т. гондий. Есть 14 признанных группы сцепления для Т. гондий. Вертикальные карты предоставляются для каждой хромосомы, откалиброваны в сантиморганах (перечислено в левом и составил в нижней части каждой хромосомы). Индивидуальные маркеры перечислены в правой части каждой хромосомы. Более подробную информацию можно найти на сайте https://ToxoMap.wustl.edu. Воспроизведено из Хан и др. (2005а), с разрешения.

Собрание генома T. Gondii

Поиск по сайту