Поколение ПДРФА на основе карт сцепления для T.gondii, продолжилось через три фазы. Изначально, набор из 64 маркеров использовали для анализа сегрегации от одного генетического скрещивания между типами II и III (Сиб и др., 1992). Сегрегация этих маркеров в 19 рекомбинантном потомстве была использована для создания сцепления карты первого поколения. На этой ранней стадии, 11 хромосомы были RECOG-ровался и общее расстояние генетической карты было меньше, чем 150 сантиморган (см). В то время как низкое разрешение, эта карта была достаточной, чтобы связать несколько маркеров лекарственной устойчивости к конкретным хромосомам (ОЯТ, AraA) и установить основные параметры мейотического рекомбинации в Т. гондиях. Следующий шаг вперед в генетическом картировании в T.gondii, пришел с успешным анализом креста между не-вирулентных типом III (КТГ) линиями вирулентного типом I (GT-1) и. Общее количество маркеров увеличились до 112 (57 идентификации уникальных локусов), а комбинированная карта связи были сгенерировано из анализа двух отдельных крестов (Су и др., 2002). В то время как число хромосом оставалось
| ПРИМЕНЕНИЕ Генетическое картирование |
то же самое, карта связи расширена до ~ 400 сМ. Весьма отличается вирулентностью фенотип родительских клонов во втором поперечном был использован для анализа генов, которые вносят вклад в патогенез (см ниже). Наконец, в третьей фазе, значительное расширение число генетических маркеров (250 всего) было использовано для анализа 71 потомства от генетических скрещиваний между двумя из трех парных группировок (II× III и I
× III), (Хан и др., 2005а). MapMaker EXP 3.0
(Ландер и др., 1987) был использован для создания карт сцепления со счетом LOD из >3.0. В некоторых случаях порядок маркеров был зафиксирован на основе физических карт, предоставляемых сборки всей последовательности генома.
Тока генетической связи карта T.gondii, состоит из 14 групп сцепления, которые в совокупности составляют 590 сМ (Khan и др., 2005a). В хромосодержащих-хромосомах в основном такие же, как те, которые определены в более ранних исследованиях, с добавлением нескольких новых групп, которые не были решены с помощью PFG гелей и / или были пропущенными из-за низкую плотность маркеров в более ранних исследованиях. Текущая карта помещает генетический маркер примерно каждые 300 кб по геному, обеспечивая достаточно полный охват. Индивидуальная связь карты для каждой хромосомы и их соответствующие Mark-ERS показаны на рисунке 14.2. Как и ожидалось, РЕЛА-TIVE размер каждой хромосомы, на основе разделения PFG и физических карт из сборки генома, показывает примерно линейную зависимость генетического размера в единицах карты. Скорость кроссовера в T.gondii, в среднем около 100 кб / сМ, хотя
заметные различия наблюдаются от низкого уровня в 42 кб / сМ на хромосоме Ia до максимума ~ 150 кб / сМ на хромосоме VIIb (Khan и др., 2005а). Средняя частота кроссовера для T.gondii, существенно ниже, чем для P. Falci-parum (17 кб / см) (Су и др., 1999), что делает его более трудно точно сопоставить генетические признаки у Т. гондий. Интересно, что и Т. гондий (Хан и др., 2005а) и P. фальципарум (Су и др., 1999) показывают высокую частоту близко расположенных двойных кроссоверов событий. Это происходит на гораздо более близких расстояниях, чем можно было бы предсказать по частоте кроссовера, и, вероятно, не представляют взаимные события. Это отображение может усложнить анализ, в область между существующими маркерами могут также претерпела такой
обмены, потенциально изменяя важную Pheno-тип, не приводя к обнаружению легко генетических изменений.
Биаллельная характер генетических маркеров в Т. гондии представляет необычную ситуацию, которая усложняет сборку генетических карт. Так, в любом данном локусе, два штамм идентифицируется-кал, а третий штамм является уникальным, SNP маркеры не информативны во всех парных скрещиваний. Кроме того, кресты между типами I и II до сих пор не удалось из-за технических проблем. И, наконец, штамм-специфические гаплотипы сохраняются в больших областей генома, таким образом, что штамм-специфические ОНП сильно кластеризованных (Khan и др., 2005а). Это приводит к тому, что наиболее информативным маркерам на некоторых хромосомах (т.е. VI, VIII, XI, XII) является уникальными для типа I рода. Крайний пример этого является хромосома XI, где генетическая карта связи основана почти EXCLU-ключительна на потомстве от I×III крест. Следовательно, эта хромосома эффективно невидима в II×III крест. Эта ситуация также приводит к Рычажный disequi-либриум между хромосомами VI и VIII, которые прочно связаны, несмотря на физические доказательства, что они отделены (Khan и др., 2005а). Дополнительные кресты включить I× II потомство будет необходимо для решения этих проблем, и это может в конечном итоге привести к пересмотру генетической карты клонов.